亘古三神
上古时代，天地处于混沌之中，有盘古生于其间。盘古身体不断生长，原来的混沌不能容纳其身体而分裂，清气上升为天，浊气沉降为地。盘古开天之后，肉身化为神州大地，精、气、神分化为上古三神，是为伏羲、神农、女娲。原本蕴藏在盘古身体内的灵力逸散，分散为风、雷、水、火、土五灵，散于天地之间。而盘古之心悬于天地之间成为连接天地的纽带，并与天界清气所钟之地连接，因清浊交汇而生神树，成为天界生命之源。伏羲以神树吸收神界清气所结的果实为躯体，注入自己强大的精力，创造出“神”。神不耐大地浊气，因此居于天，形成“神界”。 神农以大地土石草木为体，灌注自身气力，创造出“兽”。 女娲以土、水混合，附以自身血液和灵力，用杨柳枝条点化，依自己模样塑造，造出“人”。神居于天，人、兽居于地，另有“鬼界”作为人、兽等生灵的轮回中转之所。
千年大战
三神分别造出三族之后，本是彼此和平共处。但随着人类与兽类的心智渐渐增长，种种负面情绪开始滋生。伏羲创造天界，令神族全部离开大地，不得参与凡间两族纷争。战火蔓延神州千年未曾止歇，直到人族出现轩辕氏，而兽类中也出现了一个具有极高智慧的统御者——蚩尤。蚩尤率领兽族向人类开战，意图独占大地。人类取得神族援手，在神将轩辕氏的指挥下击败蚩尤大军。蚩尤拼尽余力，打开异界通道，将残部送达异界。蚩尤残部在异界逐渐修炼成魔，“魔界”也逐渐形成，人、神、魔三界从此分隔。而蚩尤所打开的通道，后世称之为“神魔之井”。六界之间，虽然有封印阻隔，但五灵气脉仍互相连通。
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- 起
苍木山狂风寨的小山贼姜云凡救下了上山采药的少女唐雨柔，为了帮助雨柔逃离上官家族的逼婚，二人展开了一段冒险的旅程，在这其中又遇到了自称往来人魔两界的生意人龙幽和可爱的女娲后人小蛮，四人逐渐成为了知心好友，而四人间微妙的联系也在一次次奇遇中慢慢展开。
- 承
在唐府招亲的测验中，姜云凡魔族后人的身世被揭发，被押送到折剑山庄接受武林盟主的处置，为了避免净天教与正教武林的大战，四人一行来到蜀山，接受试炼后正式成为蜀山弟子，并开始寻找失落的神器以及水灵珠，以解救夜叉一族的危机。
- 转
找齐五灵珠后，在回魂仙梦法术中，云凡和雨柔回到了二十年前的覆天顶，见证了蜀山与净天教的一场大战。姜云凡找到了自己的父亲母亲，但仍然无法阻止身为魔君的父亲被封印的事实。为了拯救自己的父亲，消弭两派之间的矛盾，云凡一行人通过了七星伏魔阵，前往三皇台求取神器，却陷入了父亲与雨柔只能救一个的两难之中。
- 合
雨柔为了云凡牺牲了自己，而夜叉族的魔裔终于露出了真实的面目，原来一直以来他都在利用净天教与云凡一行人达到自己的目的。最终战胜与湮世穹兵合体的魔裔之后，一切终于复归平静，消失于无形，神魔之井将再度封印，魔界大旱得以解决，但龙幽和小蛮却面临人魔两界永隔，姜云凡承担起千年封印的守护之责，他的脖子上一直带着那块血玉，就好像有一个温柔的身影在永远陪伴着他。
