折剑山庄
- 掌门：欧阳英
- 场景：折剑山庄
- 武器：重剑
- 职业特点：物理门派，擅长全力一击，爆发力强
- 推荐属性：力道 体质
- 可选角色：陆天星 乌昙罗
- 门派背景：
折剑山庄本名英雄山庄，位于云州，常年积雪覆盖。因其铸剑之术精妙绝伦，令天下铸剑者愧而折剑，故时人送予“折剑山庄”的名号，并称“天下英雄，折剑云州”。山庄主人欧阳世家乃是四大世家之首，门主欧阳英更被尊为武林盟主。欧阳英持身清正、耿直并且嫉恶如仇，年轻时曾凭着一柄紫荧剑，以一人之力扫平魔教三个分舵，威震江湖。
欧阳英有一夫人，膝下有两个女儿欧阳倩和欧阳慧，本有一名大儿子，但在幼年时夭折。折剑山庄中欧阳斌是欧阳英最为得力的助手。欧阳英收有不少徒弟，其中大徒弟萧长风、四徒弟姜承，另有徐世、徐杰等弟子。然而四徒弟姜承因魔族身份暴露，加之奸人陷害，欧阳英被迫将他逐出师门。后来覆天顶一役之后，欧阳英心力交瘁，渐渐将门中事务交由年轻的欧阳慧管理。
傲雪红梅《仙剑奇侠传3D回合》六大门派之折剑山庄
巫月神教
- 掌门：海棠夫人
- 场景：巫月神殿
- 武器：法杖
- 职业特点：辅助门派，擅长治疗及增益法术
- 推荐属性：体质 耐力
- 可选角色：陆天星 阿离
- 门派背景：
巫月神殿地处苗疆，由海棠夫人担任教主，教中供奉着女娲神像。神殿位于封闭山谷内，以流笼渡河谷为唯一进出方式，宫殿外围长满毒刺藤，有巨大毒蛇毒虫守护。教众擅长毒蛊及巫神术，世代信奉女娲，虽然偏处苗疆，仍然心怀万灵，秉承女娲大神遗志，默默守护世人。
教主海棠夫人本是苗疆白苗族的族长之女，名唤阿奴，小小年纪就担任大祭司的职位，曾奉命出外寻找苗族圣女赵灵儿，遇到李逍遥后对其一往情深。掌管巫月神殿后更名为“海棠”，人称海棠夫人。海棠夫人精通苗族蛊医巫三术，在苗族中的地位倍受尊崇，并收养了一贫（李逍遥）的外孙女小蛮为徒，对小蛮关爱有加。
苗疆毒蛊《仙剑奇侠传3D回合》六大门派之巫月神教
五灵门
- 掌门：清冷仙人
- 场景：绿萝山
- 武器：八卦
- 职业特点：控制门派，擅长封印混乱，干扰敌人
- 推荐属性：身法 耐力
- 可选角色：青鸾 姬月丹
- 门派背景：
绿萝山原本为七十二福地之一，浮于山巅，为天地灵气之所钟，外围被绿萝障重重包围，内里景色却如同世外桃源。半壁环山，半壁凌空，近看瀑布飞流霞，远望天边风云隐。草木葱郁，山水相得，鹤鸣天籁，不染尘俗。
掌门清冷仙人原本为蜀山弟子，后遭同门师兄弟殊明的利用陷害，全身功力尽失，一气之下离开蜀山自立门户，更借五灵轮之助以绝大毅力修炼成仙，并开创五灵门修炼之法。执仙器，分阴阳，聚五灵，通天道，五灵术法威力强大，更能吸收天地灵气以激发自身潜力，如海纳百川，生生不息。
清冷仙人座下有弟子南宫煌，虽身为半妖，但曾在蜀山异变时将五灵轮与其身合，开启地脉入口，疏通五灵，从而使蜀山"否极泰来"，回复混沌状态。此举也令当时的蜀山掌门徐长卿对南宫煌赞许有加。
绿萝五灵《仙剑奇侠传3D回合》六大门派之五灵门
仙霞派
- 掌门：清柔师太
- 场景：峨眉
- 武器：轻剑
- 职业特点：法术门派，擅长以一敌多，群体伤害
- 推荐属性：灵力 耐力
- 可选角色：青鸾 乌昙罗
- 门派背景：
仙霞派位于今四川省峨眉山境内。掌门清柔师太向来只收取女弟子，座下有仙霞五奇，修习武术以仙霞剑法为主，阵术为辅，门下皆以行侠仗义为己任。
相传清柔师太原名姜婉儿，自小因父母之故被关押在锁妖塔中。锁妖塔崩塌后，姜婉儿自创峨眉山仙霞派，合父亲姜清与母亲月柔霞之名，自称清柔真人。由于父亲为蜀山弟子，所以她所创的仙霞派剑法与仙剑派剑法极其相似，另由于母亲遗传，仙霞派剑法也带有一定魔性。仙霞武术融合了蜀山剑法与魔族法术的精髓，威力强大，又让人捉摸不透，世人有诗赞曰：“惊鸿漫天，佳人舞剑，云出无心，霞光艳艳。”
仙霞派兴盛时曾与蜀山仙剑派齐名，清柔师太座下有仙霞五奇：齐弄霞、厉凌云、梅胜雪、沈欺霜、柳逐霓，五女四处行侠仗义，在江湖上闯下不小的名头。后来仙霞派遭逢大难，仙霞五奇纷纷殒命，只余沈欺霜一人，门下弟子凋零。清柔师太只得再度出山执掌门派，重振仙霞。
余霞成绮《仙剑奇侠传3D回合》六大门派之仙霞派
唐门
- 掌门：景小楼
- 场景：唐家堡
- 武器：折扇
- 职业特点：物理门派，群体攻击，擅长解封和毒术
- 推荐属性：力道 身法
- 可选角色：姬月丹 沙曼
- 门派背景：
唐门坐落于蜀中唐家堡，以机关暗器和毒术闻名于天下，据传还曾捕捉到天地灵兽五毒兽，但后来却不知所踪。唐门在外也有永安当这样的产业。由于唐门中人往往深居简出，在世人眼中总是被一层神秘的面纱笼罩。曾经一度由于历任主事者的固步自封、唐门内部的争权夺利以及外来势力霹雳堂的趁机倾轧，唐门逐渐走向没落。
掌门景小楼从其母亲唐雪见手中继任掌门之位后，在父亲景天的巨大财力支持下复兴唐家堡，大力改革，修建唐家集，广开分舵，以商路开源，以武学兴家，为这个原本封闭守旧的门派带来新的生机。正所谓：蜀中怪客，机关毒术独步武林；重出江湖，不鸣则已一鸣惊人。
蜀中怪客《仙剑奇侠传3D回合》六大门派之唐门
夜叉
- 掌门：魔翳
- 场景：祭都
- 武器：长枪
- 职业特点：法术门派，擅长单体攻击，诅咒敌方
- 推荐属性：灵力 体质
- 可选角色：阿离 沙曼
- 门派背景：
在蚩尤率领兽族向人类开战，意图独占大地时，人类取得神族援手，在神将轩辕氏的指挥下击败蚩尤大军。蚩尤拼尽余力，打开异界通道，将残部送达异界。蚩尤残部在异界逐渐修炼成魔，“魔界”也逐渐形成。之后魔界分成了八国，如夜叉、罗刹、修罗等。夜叉一族乃是魔族里最亲近人类的一个分支。其族人尚武好斗，王城祭都每到节日庆典都会有武斗会，切磋比武如同平常。
然而近年来天地异变，六界动荡不稳，夜叉族亦遭遇前所未有的大旱，岩浆迸发，水源枯竭，灼热炙烤下的族民苦不堪言，唯有修复魔界水脉才能解除旱情。为此夜叉国国王龙溟亲自前往人界寻找修复水脉的方法，只为使自己的族民摆脱苦难，重获新生，但自此影讯全无。不久，其弟弟龙幽也踏上了寻找修复水脉的道路。夜叉国摄政王魔翳暂理国政，同时处心积虑，在人界布下不少局，酝酿着一场巨大的阴谋。
焚天魔火《仙剑奇侠传3D回合》六大门派之夜叉
